כבר כמה מאות שנים שאלוהים (והמוסדות שאמורים לייצג אותו עלי אדמות) נמצאים מול המדע ביחסים של אהבה-שנאה עם עליות וירידות משמעותיות. ההתחלה הייתה ככל הנראה יותר פשוטה, איש הדת הקדום היה גם מה שהיום היינו קוראים "מדען", כלומר מי שמסביר את חוקי הטבע.
אצל היוונים הקדמונים כבר היה אפשר לראות פיצול בין המערכת האלוהית שהייתה אחראית בעולם העליונים, החל מזאוס מלך האלים ועד הרמס השליח הקטן, לבין הפילוסופים שדנו במדע בצורה הטובה ביותר שהייתה קיימת אז – דיון לוגי, לעתים סוער, על תופעות הטבע והסיבה להם. דיוגנס, פיתגורס ועוד רבים טובים ופחות מוכרים הניחו את היסוד למדע עבור האנושות בלי שנזקקו לעזרה אלוהית מכל סוג. הפיצול הזה הגיע למשבר המשמעותי ביותר שלו בנצרות, כאשר הממסד הנוצרי נטה לפרש את כתבי הקודש כלשונם וראה בכל דעה שונה כפירה של ממש, מעשה שהיה בו סכנת חיים למי שהחזיק בדעות אלו, שלא תאמו במדויק את כתבי הקודש.
במרוצת השנים המדע התקדם והתגלו יותר ויותר עובדות שעמדו בסתירה לדעה שהכנסייה החזיקה בה, ככל הנראה הדוגמה הידועה ביותר היא הוויכוח על היחס בין השמש לכדור הארץ. על פי דעת הכנסייה כדור הארץ היה מרכז היקום והשמש סובבת מסביבו, ואילו העובדות שהמדענים גילו הראו את ההיפך, הארץ היא זו שסובבת סביב השמש. המדען הידוע גלילאו גלילי, מראשוני הנסיינים במדע, הועמד למשפט על תמיכתו בדעה שהשמש היא מרכז היקום ונאלץ לחזור באופן פומבי בתמיכתו ברעיון הזה. מדענים אחרים היו פחות ברי מזל, ג'ורדנו ברונו הוצא להורג על דעות שסתרו את השקפת הכנסייה, בין היתר משום שלא הסכים לחזור בו מהרעיונות שלו.
בעת החדשה הסביבה כבר לא מסוכנת למדענים ומוסדות הדת כבר לא שולטים על ההשקפות של האנושות בהיבט של המדע. עם זאת עדיין קיים קשר בין המדע לדת המתבטא בין היתר בתופעה של אנשי מדע דתיים, אחד הראשונים היה ג'ורג למטר, כומר ומדען בלגי שחזה את המפץ הגדול על תאוריית היחסות של אינשטיין. ההפרדה הזו נראית היום טבעית אבל עברה תהפוכות רבות עד שהגיע למצב כזה, שמשלבת את הטוב באלוהים עם הטוב של המדע.